Koen’s familie is altijd zeer actief geweest in de Ekerse politiek en het verenigingsleven. Grootvader Frans Palinckx was gedurende 18 jaar schepen en 11 jaar burgemeester, grootvader Frans Tiest (langs moeders zijde) was 6 jaar OCMW voorzitter, enkele jaren eerste schepen en ook de allerlaatste burgemeester van het zelfstandige Ekeren. Eén van de overgrootvaders langs moeders zijde, Jef Van Vlierberghe, was ook gedurende vele jaren schepen.
Als scholier op het Sint Michielscollege te Brasschaat werd Koen lid van de politieke club. Tijdens zijn studie geschiedenis aan de universiteit van Gent herrichte hij de Katholiek Vlaams Hoogstudenverbond op. In 1993 ging hij als student in de politiek. In 1998 werd Koen adviseur bij Bruno Peeters, toenmalig schepen bevoegd voor decentralisatie van de stad Antwerpen.
Vanaf januari 2001 zetelt Koen in de Ekerse districtsraad. In 2006 werd hij op de kartellijst van CD&V/N-VA opnieuw verkozen met 521 stemmen. In 2008 werd Koen benoemd tot districtschepen met de bevoegdheid over cultuur en erfgoed, groen, mobiliteit, middenstand en communicatie.
Bij de gemeenteraadsverkiezingen van oktober 2012 was hij lijsttrekker voor de N-VA te Ekeren. De ploeg behaalde 42% van de stemmen. Zelf kreeg hij 2070 voorkeurstemmen. In januari 2013 legde Koen Palinckx de eed af als districtsburgemeester van Ekeren en trad in het voetsporen van zijn beide grootouders.
